Lihat sumber Peran Protozoa dalam Ekosistem Air

Protozoa memainkan peran yang sangat penting dalam [[ekosistem]] perairan, baik air tawar maupun air laut. Sebagai organisme mikroskopis, protozoa berperan sebagai konsumen tingkat pertama dalam rantai makanan dan membantu menjaga keseimbangan ekosistem. Keberadaan protozoa menjadi indikator kesehatan lingkungan perairan.

== Protozoa sebagai Fitoplankton dan Zooplankton ==
Di perairan, protozoa dapat menjadi bagian dari [[fitoplankton]] dan [[zooplankton]]. Sebagai zooplankton, mereka memakan bakteri dan fitoplankton, lalu menjadi makanan bagi organisme yang lebih besar seperti [[ikan]] larva. Hubungan ini membentuk [[rantai makanan]] yang penting dalam ekosistem air.

== Pengurai Materi Organik ==
Protozoa juga berperan sebagai [[dekomposer]], membantu menguraikan sisa-sisa organisme dan materi organik di air. Proses ini membantu mendaur ulang nutrisi dan menjaga kualitas air. Tanpa protozoa, proses penguraian akan berjalan lambat dan dapat menyebabkan pencemaran air.

== Indikator Kualitas Air ==
Beberapa jenis protozoa sensitif terhadap perubahan lingkungan, sehingga kehadirannya dapat digunakan sebagai [[bioindikator]] kualitas air. Penurunan populasi protozoa tertentu dapat menjadi peringatan dini adanya pencemaran atau gangguan ekosistem.